Un peu de science sur mon mac

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Bonjour à tous.

Voici une petite sélection de quatre logiciels scientifiques que j’utilise quotidiennement. Cela ne se veut pas exhaustif, il s’agit juste de partager mon expérience.

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Papers (30€)

Papers est sans doute le logiciel que j’utilise le plus et pour une raison toute simple, je suis un peu fainéant.

Je m’explique : lorsque je cherche des articles scientifiques, j’utilise google, j’essaye de récupérer le pdf, je lis l’intro, je l’imprime si je veux le lire en entier, puis je le classe dans un tiroir… et quand je veux retrouver mon article, je fouille dans des paquets de feuilles.

Avec Papers, j’ai dans un seul logiciel le moteur de recherche et la base de données. Papers propose plusieurs moteurs de recherche (dont Google Scholar). Une fois un article trouvé, j’ai directement un résumé sur la droite. Si l’article m’intéresse, Papers récupère le pdf automatiquement si c’est possible, sinon il y a un système d’authentification (je me connecte via mon université par exemple). Quand le pdf est téléchargé, il est automatiquement rangé.

Je n’ai donc plus qu’à chercher des articles et les lire, le stockage est fait automatiquement.

Les petits + de Papers :

  • indexation automatique des pdf dans Spotlight;
  • import/export dans tous les formats que je connais (BibTex, EndNote, Connotea, RefMan…);
  • identification des pdf par DOI.

Le petit – de Papers :

  • On ne peut pas partager sa bibliographie sur un serveur.

Papers coûtait 20 € quand je l’ai acheté, il est depuis passé à 30 € mais vous pouvez avoir une réduction si vous êtes étudiant. Si vous vous destinez à faire de la recherche, c’est un bon investissement sur du long terme.

Lien : http://mekentosj.com/papers/

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Evernote (gratuit)

Tout chercheur prend des notes régulièrement sur des bouts de papiers, des blocs, des carnets, etc. Depuis quelques temps, je prends un peu de temps le soir pour réunir ces notes en un seul endroit : Evernote.

L’avantage d’Evernote c’est d’être multi-plateformes et accessible via internet. En plus, avec l’application iPhone, j’ai mes notes sur moi à tout instant.

Lien : http://www.evernote.com/

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Plot (gratuit)

Lorsque je travaille sur des données et que je veux voir les résultats sous forme graphique, j’utilise un tableur quelconque. Par contre, si je souhaite créer un graphique pour un article, j’utilise Plot.

Pourquoi Plot plutôt qu’un autre ? Tout d’abord parce qu’il est simple même si il est assez peu intuitif dans son utilisation. Deuxièmement car il ne sait faire que des graphiques avec des points, des lignes, et des histogrammes ce qui est largement suffisant. Ensuite, les graphiques produits sont clairs. Et enfin, il exporte les graphiques en format vectoriel (eps) et ça c’est la classe.

Lien : http://plot.micw.eu/

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TexMaker (gratuit)

Lorsque je rédige un article scientifique, je le fais en LaTex. Et pour cela, j’ai trouvé TexMaker qui me convient parfaitement. Il fait de la complétion automatique et génère mes documents automatiquement, tout ce dont j’ai besoin.

Lien : http://www.xm1math.net/texmaker/index_fr.html

Mr Bilou.

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8 commentaires to Un peu de science sur mon mac

  1. Il me manquait un logiciel pour faire des graphiques, je vais tester Plot.

    C’est dommage que tu ne mettes pas les liens vers les logiciels, c’est plus pratique !

    Sinon en logiciel orienté scientifique j’utilise Marvin Sketch qui permet de dessiner facilement des molécules. (http://www.chemaxon.com/marvin/release-notes.html)

  2. Effectivement, j’ai oublié de mettre les liens. Erreur corrigée !
    Je vais regarder Marvin Sketch de ce pas, ça pourrait me servir prochainement.

  3. Nicolas Esposito

    Sympa la petite sélection ! De mon côté, je suis passé de Papers à Mendeley, qui a l’énorme avantage de se synchroniser avec une version Web.

    Pour LaTeX, je reste sur TeXShop. En tant qu’application Cocoa, TeXShop est complètement intégrée à Mac OS X (par exemple pour appeler le correcteur Antidote depuis le menu contextuel), contrairement à Texmaker.

    Pour les notes structurées complexes : OmniOutliner Pro. Et pour les graphiques : OmniGraffle Pro. Avec TeXShop, ça fait trois logiciels que j’utilise depuis la rédaction de ma thèse en 2001.

    Tiens, je vois que tu as une rubrique Game Design sur ton blog… Est-ce que tu publies sur le sujet ?

  4. Tût-tûûût

    J’aime bien TeXMaker aussi, mais il manque un correcteur orthographique, et l’auto-complétion plante un peu, à l’occasion. Ceci dit l’autocomplétion manque vraiment sous TexShop, donc je reste sous TeXMaker malgré ses petits défauts 🙂

  5. Je viens de regarder Mendeley… Il me manque le moteur de recherche intégré.J’avoue que le logiciel qui réunira le moteur de recherche, l’import automatique des pdf et le partage en réseau des biblios deviendra mon logiciel préféré.

  6. Ca n’est que moi hin, mais pour les graphique, nous avons tous un logiciel pré-isntallé sur nos mac qui le permet! Ca s’appelle Grapher et ça permet également l’exportation en Vectoriel. Pour les graphique avec des points, je n’ai pas trouvé comment faire mais il doit y avoir moyen de le faire!

  7. @Nico > Merci de ta remarque pertinente, faudrait voir si bilouweb pourrait nous faire un retour ici sur ce logiciel intégré au système.

  8. Je viens de regarder Grapher et je n’ai pas l’impression qu’il puisse me dessiner une courbe basée sur une série de points. Il a l’air d’être utile pour dessiner des équations. Je regarde de plus près dans la journée.

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